鎌倉幕府の基本法である「御成敗式目（ごせいばいしきもく）」の初め（第一条）に「神社を修理し祭祀を専らにすべき事」とあるように、幕府は神仏を保護しました。 そして寺社奉行を設置し、社寺関係の事務に専従させました。 源氏の氏神である鶴岡八幡宮（石清水八幡宮より勧請）は幕府の守護社に位置づけられ、そこに奉行人を置いて神社事務にあたらせています。 このことから幕府と神社の関係の深さがうかがえます。 やがて、南北朝期、国家の統一力は失われ、社寺を保護することもできず、官社への奉幣もままならず、荒廃する神社も多かったようです。 室町幕府の社寺関係制度は、鎌倉幕府のそれを踏襲したものでしたが、社寺の事務の複雑化に伴って、神社の事務をつかさどる社家奉行と寺の事務をつかさどる寺家奉行が置かれました。 一般庶民の神社信仰は盛んで、伊勢講や熊野講などの有名神社の「講」組搬がいくつもできたのはこの時期です。